Bénédicte Pagnot obtient une maîtrise d’Études audiovisuelles à l’ESAV (université Toulouse le Mirail). Puis elle devient assistante de réalisation, régisseuse et chargée de casting sur des tournages en Bretagne où elle a choisi de s’installer après ses études.
C’est en 2001 qu’elle réalise son premier court-métrage La petite cérémonie (sélectionné par une vingtaine de festivals et primé par huit) ; suivront deux autres fictions courtes et trois documentaires, en parallèle d’ateliers en milieu scolaire, universitaire et pénitentiaire.
En 2013 sort au cinéma son premier long-métrage de fiction Les lendemains (prix du public du Festival Premiers Plans d’Angers et prix d’interprétation féminine pour Pauline Parigot au Festival du cinéma d’auteur de Rabat, Maroc).
Islam pour mémoire, un voyage avec Abdelwahab Meddeb est son premier long-métrage documentaire. Il est sorti en salles en France le 22 mars 2017.
Bénédicte Pagnot enseigne et coordonne à Mellionnec la pratique cinéma des étudiants et étudiantes de licence 3 de l’université de Brest.